通关四大天王并成为冠军后，游戏并未结束，玩家可以继续探索关都地区和七岛区域的全新内容。首先需要返回真新镇触发剧情，大木博士会检查玩家的图鉴收集情况，若已收集超过60种宝可梦，博士会将图鉴升级为全国图鉴，开启二周目内容。玩家可以前往枯叶市港口乘船前往七岛，开始全新的冒险旅程。
七岛区域包含丰富的支线任务和隐藏要素。在一号岛需要寻找被盗的红宝石，前往灯火山洞窟与火焰鸟战斗并获取红宝石。随后前往四号岛可领取波克比的蛋，在五号岛仓库需要输入密码进入火箭队基地。六号岛的记号森林能遇到赫拉克罗斯等稀有宝可梦，最终在七号岛完成训练师之塔的挑战。这些岛屿任务环环相扣，最终需要夺回被抢走的蓝宝石并交还给研究人员。
完成七岛剧情后，玩家可以返回关都地区捕捉更多传说宝可梦。华蓝市洞穴的看守者会消失，使用冲浪术进入华蓝洞窟，在最深处可遇到70级的超梦。此外还能在灯火山捕捉火焰鸟，无人发电厂寻找闪电鸟，双子岛深处收服急冻鸟。这些神兽的捕捉需要提前准备足够的精灵球和状态异常技能。
游戏还保留了丰富的收集要素和战斗挑战。全国图鉴收录了更多宝可梦种类，玩家可以继续完善图鉴收集。冠军联盟的四天王和冠军队伍会提升等级，提供更高难度的战斗考验。此外各地训练师也会更新阵容，部分道馆馆主可进行再次对战。这些内容为追求完美通关的玩家提供了持久的游戏动力。
七岛区域隐藏着多个特殊地点和彩蛋内容。如六号岛的阿斯卡纳遗迹需要解开机关谜题，五号岛的回忆之塔记录着游戏背景故事，三号岛的果实森林能种植特殊树果。这些地点不强制要求探索，但能为玩家提供额外的游戏乐趣和资源获取途径。整个二周目内容设计巧妙地将新区域与原有地图有机结合，形成了完整的游戏体验闭环。
游戏最终以玩家成为真正的宝可梦大师为目标，通过持续收集、训练和挑战来达成完美通关。虽然主线剧情在击败冠军后告一段落，但丰富的支线任务和隐藏内容确保了游戏的可玩性和重复游玩价值。这种设计思路也成为后续宝可梦系列作品的经典模板。
